Les données analysées dans ce rapport sont issues d’une publication intitulée “Fluctuating, warm temperatures decrease the effect of a key floral repressor on flowering time in Arabidopsis thaliana”, de 2015. Il s’agit de données de phénotypes pour plusieurs génotypes d’Arabidopsis thaliana visant à comprendre les mécanismes et gènes gouvernant la floraison (Burghardt et al. 2015).
Cette figure montre des fleurs d’Arabidopsis sous plusieurs angles :
Import des données et chargement dans l’objet expt1. Avec datatable, il est possible de parcourir les données de manière interactive et même de les filtrer dynamiquement.
expt1 <- read_tsv("../data/burghardt_et_al_2015_expt1.txt")
datatable(expt1, filter="top", options = list(pageLength = 10, scrollX=T))Nous commençons par retirer les valeurs manquantes du jeu de données :
expt1 <- drop_na(expt1)Puis, nous affichons le nombre de feuilles des rosettes en fonction du nombre de jours jusqu’à floraison.
plot <- ggplot(expt1, aes(x = days.to.flower,
y = rosette.leaf.num,
color = day.length)) +
geom_point() +
ggtitle("Nombre de feuilles en fonction du nombre de jours jusqu'à floraison")
ggplotly(plot)Représentation des données de floraison du papier de Burghardt et Al. (2015)
Interprêtation à écrire