1 Contexte

Les données analysées dans ce rapport sont issues d’une publication intitulée “Fluctuating, warm temperatures decrease the effect of a key floral repressor on flowering time in Arabidopsis thaliana”, de 2015. Il s’agit de données de phénotypes pour plusieurs génotypes d’Arabidopsis thaliana visant à comprendre les mécanismes et gènes gouvernant la floraison (Burghardt et al. 2015).

Cette figure montre des fleurs d’Arabidopsis sous plusieurs angles :

Source de l’image

2 Analyse de la floraison

2.1 Import et affichage des données

Import des données et chargement dans l’objet expt1. Avec datatable, il est possible de parcourir les données de manière interactive et même de les filtrer dynamiquement.

expt1 <- read_tsv("../data/burghardt_et_al_2015_expt1.txt")
datatable(expt1, filter="top", options = list(pageLength = 10, scrollX=T))

2.2 Visualisation des données

Nous commençons par retirer les valeurs manquantes du jeu de données :

expt1 <- drop_na(expt1)

Puis, nous affichons le nombre de feuilles des rosettes en fonction du nombre de jours jusqu’à floraison.

plot <- ggplot(expt1, aes(x = days.to.flower, 
                 y = rosette.leaf.num, 
                 color = day.length)) + 
  geom_point() +
  ggtitle("Nombre de feuilles en fonction du nombre de jours jusqu'à floraison")

ggplotly(plot)

Représentation des données de floraison du papier de Burghardt et Al. (2015)

Interprêtation à écrire

Références

Burghardt, Liana T., Daniel E. Runcie, Amity M. Wilczek, Martha D. Cooper, Judith L. Roe, Stephen M. Welch, and Johanna Schmitt. 2015. “Fluctuating, Warm Temperatures Decrease the Effect of a Key Floral Repressor on Flowering Time in Arabidopsis Thaliana.” New Phytologist 210 (2): 564–76. https://doi.org/10.1111/nph.13799.